从前，石林一带也属于一望无际的大海。传说石林湖是滇黔古海的残迹，是海水流剩的几滴水珠。

        相传，远古时代洪水翻天，人们纷纷逃生。有的人换着树木，有的人坐在大水缸里，有的人钻进皮囊中……任水漂流。其中，有史妹俩人，发水前就打造了一个大木盒，装上食物，洪水暴发时，他们乘坐着木盒在水里漂流挣扎。后来，其他的人淹死了，或饿死了，唯独这兄妹俩还一直漂浮在水上，漂到滇黔古海。他们的木盒，随着波涛起伏，曾经三次被巨浪托起碰着了天。于是，他们向天神沙罗婆求救。天神沙罗婆拿了一根金棍子，钻到海底戳了一个土洞。，海水便逐渐退落，但退得很慢。当巨浪又一次将木盒托起碰着天时，兄妹俩又求救于天神沙罗婆从。天神沙罗婆拿了一根银棍子，钻到海底戳了一个石洞，从此，洪水一天落三分，三天落九分，有的地方渐渐地露出了水面。兄妹俩的木盒子，停在了一个露出水面的地方，他们便走出木盒，安下了家。后来，兄妹俩为了繁衔后代，经过西山滚磨磨相合，结成了夫妻，生儿育女，繁衍生息。

        许多年过去，滇黔古海的海水越退越少，整个滇黔地区几乎都变成了陆地。这时，世间的人口越增越多，石林附近建起了村寨。水还在不停地往退落，五棵树村寨前，只剩下不大的水塘了。人们见此情景不觉焦急起来，人和牲畜要饮水，庄嫁也要水来浇灌，如果海水全部流干，连这个不大的水塘里的水都保不住，人怎么活下去呀！他们听前一辈人说，这个水霎底下有一个土洞和一个石洞，水从这两个洞流进地下河，淌到盘江入南海，只有把这两个洞堵住，海水才不会流干。于是，经过探测，他们找到了土洞和石洞，全寨子的人便日夜不停地搬运石头去堵水洞。
        再说，滇黔古海里住着一个龙王，他在一望无际的大海里住着很自在。自从天神沙罗婆和拖罗婆用金棍、银棍在海底戳了土洞、石洞后，海水渐渐退落，一片汪洋变成了稀稀落落的几个水塘子，他很不满意，飞到天上找天神 沙罗婆和拖罗婆。天神安抚龙王，让他等滇黔古海海水流干后，全家迁徒到南海去做南海龙王。龙王听罢，满心欢喜，但一转念，对住惯了的滇黔古海仍是十分留念，又生不舍之情。天神看出龙王心思，把当年戳洞的金棍、银棍递给他，说：“若是舍不得滇黔古少，那就把这两根棍子插入土洞和石洞去吧。何去何从，三思而行。”当夜龙王返回龙宫辗转反侧，反复掂量之后，还是打算去南海安家，于是将金棍、银棍藏入龙宫宝库。

        龙王有个女儿，生得俊俏美丽，心地善良，而且好动，她不想久居海底， 尤其海水越来越少，在一个水塘底下生活要闷气，所以，经常到陆地上游玩散心，在石林一带观赏风光景色。有一天，龙女打扮成撒尼姑娘，身穿青衣花裙，头戴彩虹般绚丽的包头，大大方方地来到石林一带游玩。她见好多的男男女女搬起石头往水塘里扔，又见水里有不少人在移动那些石头，感到很奇怪，便走到一个撒尼姑娘面前问道：“阿妹，你们往水里搬石头做哪样？”撒尼姑娘回答说：“堵水底的洞。”龙女又问：“为哪样要堵洞呀？”撒尼姑娘说：“阿姐，你是远方来的人，你不知道，要是不把洞堵住，海水流完了，我们这个地方的人就活不下去了。”在女关心地问：“那海里的洞是天神戳的，你们怎么能堵得住呀？”撒尼姑娘说：“不管它是哪个戳的，为了活命只好堵，只要大伙齐心协力，总有一天会把洞堵住。”经女被人们征服自然的决心感动了，她决心要帮助人们解除无水的苦难。但又一想，如果自己帮助百姓把水底的洞堵住，海水流不干，父王就不能搬迁到南海作龙王，他怎会甘心呢？龙女越想越为难，她不敢当着父王的面做违背父王意愿的事，只好耐着性子等候时机。

        一天，龙王要带全家去南海看新居，几天才回得来。龙女借口身体不舒服，不愿随父王去南海。龙王见女儿愁眉不展，就答应她留在家里。龙女等龙王走后，立刻打开龙宫宝库，取出金棍子和银棍子，然后上岸把金棍和银棍交给她认识的撒尼姑娘说：“你赶快拿着它去找人堵洞，金棍子子者土洞，银棍子堵石洞，这样海水就不会流走了。”

        当天，撒尼姑娘就找到两个撒尼小伙子，拿着金棍子和银棍子潜入海底，把洞堵死，海水不再往下流，一泓清亮的湖水留下来了。

        龙王回到滇黔古海，得知海水不再退落，感到很奇怪，心想莫不是有人在捣乱？他下令传龙女，龙女没在龙宫。他到龙宫宝库，发现金棍子和银棍子不见了，心里已经明白了几分。再查看海底，只见金棍子和银棍子在水中闪闪发光 ，已将水底的土洞和石洞堵死了。他顿时大怒，即刻去拔金棍子和银棍子。

        这时，龙女正与那位撒尼姑娘在水边谈话散心，见水翻滚，波涛冲起几丈高，定睛一看，只见老龙王正在水底拨神棍，于是大惊失色。龙女喊了一声：“不好”，急忙对撒尼姑娘说：“阿妹，我父王来取神棍了，我们赶快下水去护住神棍。”龙女说罢跃进水中，变成一条小白龙紧紧缠住银棍子，那撒尼姑娘也同时跳进水里紧紧抱住金棍子。龙王见女儿和撒尼姑娘拼命护住神棍，料难拔掉，便忿忿地说：“我的女儿，你这不是坑害了我们全家吗？海水流不尽，我们就不能去南海。你就放开吧，让父王拔神棍，把海水放干。”龙女央求道：“父王，你不能只顾自己，不顾这一方的百姓，你想想，反水放干了，他们喝什么，拿什么灌溉田地，没有水他们还能活下去吗？父王啊，你就发个善心留下这塘水， 让他们活下去，你答应女儿吧！”龙王见女儿苦苦哀求，心软了下来，说道：“那好吧，你既然同情这里的人们，你就留在这里守着神棍，跟撒尼人过日子吧！”说完，跃出水面，腾云驾雾而去。

         从那以后，龙女和那个彝族撒尼姑娘就一直在水里守护着那两根神棍，日久天长，他俩就变成了两座石峰，这就是石林湖边的姊妹峰。不过，也有人说，龙女变成了神女，即石林湖中的“水上观音”。那金棍子和银棍子，也随之变成了石柱，屹立在湖中。